退火溫度（Annealing Temperature）[1] 為引物和模板結(jié)合時(shí)候的溫度參數(shù)，當(dāng)50%的引物和互補(bǔ)序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時(shí)的溫度.它是影響PCR特異性的較重要因素。在理想狀態(tài)下，退火溫度足夠低，以保證引物同目的序列有效退火， 同時(shí)還要足夠高，以減少非特異性結(jié)合。合理的退火溫度從55℃到70℃。退火溫度一般設(shè)定比引物的 Tm低5℃。
　　在模板變性后溫度快速冷卻至40℃～60℃(某個(gè)退火溫度)的時(shí)候，可使引物和模板發(fā)生結(jié)合。由于模板DNA 比引物復(fù)雜得多，引物和模板之間的碰撞結(jié)合機(jī)會遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于模板互補(bǔ)鏈之間的碰撞，這就使PCR后期的過程成為可能。
　　退火溫度與時(shí)間，取決于引物的長度、堿基組成及其濃度，還有靶基序列的長度。對于20個(gè)核苷酸，G+C含量約50%的引物，55℃為選擇最適退火溫度的起點(diǎn)較為理想。引物的復(fù)性溫度可通過以下公式幫助選擇合適的溫度：
　　Tm值(解鏈溫度)=4(G+C)+2(A+T)
　　復(fù)性溫度=Tm值-(5～10℃)
　　在Tm值允許范圍內(nèi)， 選擇較高的復(fù)性溫度可大大減少引物和模板間的非特異性結(jié)合， 提高PCR反應(yīng)的特異性。復(fù)性時(shí)間一般為30～60sec，足以使引物與模板之間完全結(jié)合。
　　在金屬加工領(lǐng)域，退火溫度是指退火時(shí)金屬應(yīng)加熱達(dá)到的溫度。據(jù)有關(guān)文獻(xiàn)介紹，不同金屬材料的退火溫度為：鉑，900—1000℃；銅，650℃；黃銅，600—650℃；鎳銀，650—680℃；鋁，283—350℃等。